Il sacro edificio fu, fino alla fine del secolo XVIII, la chiesa dell'ex convento dei padri Riformati: soppresso e abbattuto l'adiacente monastero e costruita in suo luogo la neoclassica villa Amalia, ne divenne la cappella. La fondazione francescana, messa all'asta, fu comperata dall'avvocato milanese Rocco Marliani, trasformata in villa dall'architetto Leopoldo Pollak negli anni 1798-1801 e dedicata dal Marliani alla moglie Amalia.
La chiesa fu consacrata il 21 gennaio 1498 dal francescano Mons. Guglielmo, Vescovo titolare di Segone in Corsica, perciò detto Corsico.

Dalla piazza una scalea porta all'ingresso sormontato da un bel rosone: la facciata fu completamente ridipinta verso il 1850 in stile neo-gotico. L'interno della chiesa è ad una navata coperta da tetto ligneo sorretto da archi trasversali acuti.
Fino al 1797 nella parete laterale destra si aprivano quattro cappelle (sono ancora visibili i segni degli archi) fatte demolire dal Pollak.
La parete nella quale si apre l'arco trionfale è occupata dal grande affresco della Crocifissione della scuola di Bernardino Luini. Il prezioso altare è lo stesso dei tempi del convento; il tabernacolo con il tempietto di legno dorato, fu scolpito dai fratelli Torricelli di Lugano nel 1738.
Sulla parete laterale destra si trova un affresco raffigurante la Madonna col Bambino fra angeli musicanti: è datato 1496 ed è attribuito a Giovan Pietro di Cemmo.
Sulla parete laterale sinistra si affaccia un elegante pulpito rinascimentale.
L'edificio, popolarmente, è noto come chiesa di Sant'Antonio, poiché ogni 17 gennaio, sul suo sagrato si celebra una grande festa dedicata al santo, protettore degli animali.

Luogo privo di barriere architettoniche e accessibile a tutta la cittadinanza.